Vanhin mainita kappelista löytyy vihkitodistuksessa vuodelta 1657, jossa todetaan saarelainen pari vihityksi Nötön kappelissa. Tämä liene ollut tiloiltaan pieni, vaatimaton rakennus keskellä kylää. Uusi kappeli pystytettiin jo vuonna 1664 kylän läntisen sataman suulle Eurholmenille, joka myöhemmin sai nimekseen Kappalholm.
Rakennuspuut tuotiin Kasnäsista saakka, mutta rakennustyön hoiti kappelikunnan omat miehet. Kappalholman kappeli rakennettiin suurimmaksi osaksi Maria Sofia de la Gardien, Suuren Jacobin tyttären tuella. Tarina kertoo, että alus jolla Mari Sofia oli seilannut, joutui sään armoille, jolloin hän oli luvannut pystyttää Herran huoneen sinne, missä hänen jalkansa ensimmäiseksi koskettaisi maata. Tämä paikka oli Lökholma, mutta koska Lökholmalaiset olivat jo tuolloin mukana Kappalholman kirkkohankkeessa, antoi Kreivitär taloudellisen tukensa tälle projektille. Maria Sofia lahjoitti myös alttarivaatteet, kasukan, pari kynttilänjalkaa sekä 500 taaleria kirkolle. Kirkko valmistui 1665 ja palveli tällä paikalla yhdeksänkymmenen vuoden ajan. Kappalholman katsottiin kuitenkin sijaintinsa perusteella olevan hankalasti saavutettavissa ja niin päätettiin rakentaa kappeli pääsaarelle.
Vuonna 1756 nykyiselle paikalle pystytetty kappeli korvasi Kappalholmenin kappelin. Kappeli vihittiin käyttöön ja nimettiin Pyhän Abrahamin mukaan 1757, se valmistui lopullisesti vuonna 1772 kun maalari G. Lucander sai seinämaalaukset valmiiksi. Vuonna 1774 perustettiin kappelin ympärille pengerretty hautausmaa. Tähän saakka oli vainajat haudattu kappelin alle, jokaisella talolla oli neljä irrotettava lattialankkua.
1801 Nötöläiset palkkasivat Emmanuel Sonckin itselleen papiksi ja antoivat hänelle asunnoksi venemiehen torpan Fårhällan. Emmanuel kuitenkin menehtyi saarnamatkalla huhtikuussa 1803 pudottuaan jäihin Mjoön edustalla. Omaa pappia ei sen koommin ole Nötön saarella ollut, vaan saarnamiehet saapuivat messua pitämään Nauvosta saakka. Matka oli pitkä ja usein poikettiin matkanvarrella Berghamniin, jossa pappia ja lukkaria kestitettiin huolellisesti. Monta messua jäi Nötön kirkossa pitämättä ja yhtä usein todistettiin pappismiesten jumalan sanan julistusta voimakkaasti päihtyneessä tilassa. Eräskin tunnetuksi jäänyt saarnamies Jakob Nordqvist valisti seurakuntalaisiaan seuraavasti "Älkäät tehkö niin kuin minä, vaan niin kuin minä sanon".
Nötö toimi paitsi juhlatoimitusten ja jumalanpalvelusten myös mm. lähisaarten huvitteluelämän keskuksena. Jo varhain perustettiin koulun ja kirkon väliselle kalliolle tanssilava ja vanhassa ”Klämmonissa” voitiin tanssia myös sisällä.